Het Comenius Museum is te vinden in de Kloosterstraat, in een gebouw dat rond 1440 werd gesticht door religieuze vrouwen. De zusters van het Mariaconvent waren op allerlei terreinen in het stedelijke leven actief. In 1572 kwam onder invloed van de Reformatie een einde aan hun activiteiten. Het klooster en de kapel werden gespaard bij de grote brand in 1572. Het klooster veranderde daarna van functie. Het was in gebruik als weeshuis en Latijnse school. De kapel werd sinds 1651 gebruikt door de Waalse kerk, een gemeenschap van Franstalige protestanten. Hier werd Jan Amos Comenius op 22 november 1670 begraven. Na een periode van verval wordt het kloostercomplex in de 19de eeuw omgevormd tot een kazerne voor de militairen van de garnizoensstad Naarden.

Tweehonderd jaar na zijn overlijden herleeft in zijn moederland de belangstelling voor Comenius. Het Tsjechische nationalisme zocht haar voorvader. In 1918 ontstaat de Republiek Tsjechoslowakije en intensiveert de zoektocht naar de precieze plek waar Comenius begraven is. Een Nederlands-Tsjechoslowaakse onderzoekscommissie stelt deze plek vast. De regeringen van beide landen besluiten op 28 maart 1933 vervolgens de voormalige Waalse kapel af te scheiden van de rest van het complex. Het wordt gerestaureerd en als mausoleum voor Comenius ingericht. Tsjechische kunstenaars verzorgen diverse kunstwerken zoals de glas-in-lood ramen, de glaspanelen met afbeeldingen van het leven van Comenius, een moderne versie van een koorhek met beeldengroepen en uniek houtsnijwerk.

Aan het eind van de Koude Oorlog werd de Weeshuiskazerne ontruimd en in 1992 verhuist het Comenius Museum – tot dan toe gevestigd in het Spaanse huis –naar het deel van de Weeshuiskazerne dat direct aan de Waalse kerk met het mausoleum grenst.