In ruim 500 jaar geschiedenis is de kerk een stenen getuige van grote gebeurtenissen geweest: de overgang van Middeleeuwen naar Renaissance, de Reformatie, de Tachtigjarige oorlog en het bloedbad van Naarden, het rampjaar 1672, het Beleg van Naarden. Alleen het stenen tafelblad in het koor van de Grote Kerk Naarden herinnert nog aan het kerkje dat rond 900 in de nederzetting Naarden staat. Naruthi, zoals de nederzetting Naarden dan heet, wordt in 1350 verwoest tijdens politieke twisten en verdwijnt daarna in de opdringende golven van de Zuiderzee.

Graaf Willem V van Holland en Zeeland herbouwt de stad in 1355 op een hogere plek, veilig voor het water. De locatie is van strategisch belang: de stad vormt de enige oostelijke toegangspoort tot het hart van het graafschap Holland. Tussen 1380 en 1440 verrijst een nieuw kerkgebouw in Naarden. Uit die tijd stamt de huidige toren. Het kerkgebouw wordt verder uitgebreid en in 1479 gewijd.

Tussen 1509 en 1518 is het beschilderde tongewelf aangebracht op 25 meter hoogte boven het schip en het koor. Het is ongekend gaaf en elk paneel is bewaard gebleven. Met deze omvang is het uitzonderlijk in Nederland. Aan de noordzijde is het lijdensverhaal van Christus uit het Nieuwe Testament in tien voorstellingen weergegeven. Daartegenover zijn vergelijkbare gebeurtenissen uit het Oude Testament te zien. Dit alles komt samen in de voorstelling van het Laatste Oordeel, wanneer God zijn oordeel uitspreekt over alle mensen. In de middeleeuwen ziet men het Oude Testament als voorloper van het Nieuwe Testament. De vergelijkingen helpen om de Bijbelse boodschap te begrijpen.

De Beeldenstorm van 1566 ging aan deze kerk voorbij, maar enkel jaren later vernielde een bende protestantse opstandelingen alsnog de rijkversierde altaren en kleurige heiligbeelden. De Grote Kerk Naarden werd in 1574 protestants. Het tongewelf liet men echter ongemoeid en is daardoor vandaag de dag nog steeds te bewonderen.