Het Spaanse Huis is oorspronkelijk een laatmiddeleeuws gebouw dat vermoedelijk de kapel van een gasthuis herbergde. In 1570 werd het verbouwd tot stadhuis en kreeg het in 1615 de naam ‘Spaanse Huys’, verwijzend naar de gebeurtenissen van 1 december 1572. Op die dag werden de mannelijke inwoners van Naarden door Spaanse soldaten naar het stadhuis gelokt en daar werden gedood.

Tot 1809 diende het gebouw als waag voor het wegen van goederen. Van 1809 tot 1814 was het onderkomen voor militairen, waaronder de Napoleontische troepen, die het als garnizoensbakkerij gebruikten. Na hun vertrek functioneerde het gebouw als hoofdwacht.

In 1845 werd het pand overgedragen aan het Rijk. In 1867 werd het opnieuw een garnizoensbakkerij, tot deze functie in 1880 verviel. Het Spaanse Huis diende daarna als woonhuis voor de administrateur van de bakkerij. Na 1965 werd het gebouw gerestaureerd en heringericht. De achterzaal met de ovens van de bakkerij werd hierbij grotendeels intact gelaten. Het voorgebouw werd ingericht naar de situatie van de vroege 17de-eeuw. Sinds 2016 is het monument in handen van Monumentenbezit. Tegenwoordig vind je hier het Weegschaalmuseum.

Het Comenius Museum is gevestigd in de voormalige Weeshuiskazerne, waar het Mariaconvent sinds 1440 was gehuisvest. Dit gebouw overleefde de verwoesting van Naarden in 1572 en biedt tegenwoordig toegang tot het Comenius-mausoleum, dat oorspronkelijk de kapel van het convent was.

Van oorsprong was het gebouw een klooster. Toen de hervormde religie staatsgodsdienst werd, verdween de katholieke eredienst en daarmee het klooster. Het gebouw werd een weeshuis. In 1809 vorderde het Franse garnizoen het gebouw, dat zwaar beschadigd raakte tijdens de belegering van Naarden. Het kon niet langer gebruikt worden als weeshuis. Daarom werd het in 1820 aan de stad overgedragen en omgevormd tot kazerne. Het kerkje in de Kloosterstraat werd ontruimd en aan de kazerne toegevoegd. De kazerne huisvestte manschappen en ongehuwde onderofficieren, terwijl gehuwde militairen zelfstandig woonden. Later kwamen er aparte woningen voor gehuwden bij de kazerne. Het werd door de eeuwen heen gebruikt als verblijfplaats door diverse militaire troepen. Zo werd het in 1831 gebruikt om krijgsgevangenen van de Belgische Opstand vast te zetten. Het diende van 1861 tot 1881 zelfs als militaire strafgevangenis, het zogenaamde Dépot van Discipline. Later, tijdens de Tweede Wereldoorlog, verbleven Duitse troepen in de kazerne. Dit waren steeds wisselende eenheden die meestal slechts korte tijd in de kazerne verbleven.

Vandaag de dag kun je het gebouw bekijken wanneer je een bezoek brengt aan het Comeniusmuseum. Dit museum is gewijd aan Jan Amos Comenius, de Tsjechische geleerde, geboren in 1592 in Moravië. In 1871 werd zijn graf ontdekt door notaris J.P. de Roeper. Na onderzoek in 1929 besloot de Nederlandse regering in 1933 de kapel symbolisch aan Tsjecho-Slowakije over te dragen. Van 1933 tot 1937 werd de ruimte vervolgens gerestaureerd als mausoleum, ontworpen door Tsjechisch architect Ladislav Machoñ en uitgevoerd door kunstenaars uit Praag.